Das Verfahren gegen den mitangeklagten ehemaligen Kanzler wurde gegen eine Geldauflage in Höhe von 45 000 Euro vorläufig eingestellt. Es sei für ihn erkennbar gewesen, dass die Zahlungen problematisch seien, sagte der Richter. Der Anwalt des Kanzlers wies hingegen darauf hin, dass das Wissenschaftsministerium unter Leitung von Theresia Bauer (Grüne) hätte eingreifen können, um den entstandenen Schaden zu minimieren.
Laut Anklage soll der Rektor unmittelbar vor seinem Ausscheiden aus dem Amt Ende 2011 13 Professoren mit rechtswidrigen Zulagen bedacht haben. In der Folge habe das Land Zulagen in einer Höhe von insgesamt mindestens 411 000 Euro gewährt. Die Nachfolgerin des Mannes im Rektoramt, Claudia Stöckle, hatte die rechtswidrige Praxis und weitere Mängel an der Hochschule aufgedeckt. Sie wurde aber von den Hochschulgremien von dem Amt abgewählt. Dagegen ging sie juristisch vor. Stöckle hatte moniert, ihr hätten keine konkreten Gründe für ihre Abwahl vorgelegen. Eine Klage dagegen scheiterte kürzlich vor dem baden-württembergischen Verwaltungsgerichtshof.
Mit der Zulagenaffäre hatte sich gleichfalls ein Untersuchungsausschuss des Landtags befasst. Im Zuge dessen war auch Wissenschaftsministerin Bauer unter Druck geraten. Die Hochschule gilt als Kaderschmiede, dort werden die Nachwuchsbeamten für das Land Baden-Württemberg ausgebildet.