Er tritt die Nachfolge von Tim Walter an, der nach nur einem Jahr zum Bundesliga-Absteiger VfB Stuttgart gewechselt ist.
Zuletzt war Schubert Trainer bei Eintracht Braunschweig. Er hatte die Niedersachsen im Oktober 2018 auf dem letzten Tabellenplatz in der 3. Liga übernommen und sie noch vor dem Abstieg gerettet. Er besaß in Braunschweig noch einen Vertrag bis 2021. Zuvor war Schubert unter anderem von 2015 bis 2016 für Borussia Mönchengladbach verantwortlich und hatte das Team in die Champions League geführt.